Nhà thờ Giáng Sinh được quản lý chung bởi các giới chức của Giáo hội Công giáo Rôma, Chính Thống giáo Hy Lạp và Giáo hội Tông đồ Armenia. Cả ba giáo hội đều duy trì cộng đồng tu sĩ riêng trong nhà thờ. Tuy nhiên, kết quả là thường có những tranh cãi giữa các tu sĩ tập sự (của cả 3 giáo hội) về việc tôn trọng sự thinh lặng khi người khác cầu nguyện, hát thánh vịnh, và thậm chí cả tranh cãi về việc phân chia nhiệm vụ quét dọn sàn nhà.[24][25] Cảnh sát Palestine đã được gọi tới để lập lại an ninh trật tự.[26]